Русская военно-морская православная община во имя Архистратига Божия Михаила была создана 20 лет назад, в 1993 г по благословению правящего архиерея Симферопольской и Крымской епархии митрополита Лазаря. Возглавил ее настоятель Владимирского собора-усыпальницы адмиралов протоиерей Алексий Тупиков. Община состояла из офицеров Черноморского флота и членов их семей, ветеранов флота. В 2000-м году в сан иерея был рукоположен капитан 2 ранга запаса Александр Бондаренко. Священник, имеющий за плечами 25-летний стаж службы на флоте, и стал, по благословению владыки Лазаря, новым настоятелем военно-морской православной общины во имя Архистратига Божия Михаила.

В 2002-м году в 8-м зале музея ЧФ РФ, разместившемся в стенах храма еще в годы советской власти, была совершена первая литургия. Богослужения в походном храме среди экспонатов совершались 1 раз в год до 2009-го, когда Президент России  Дмитрий Медведев принял решение о возрождении Института военного духовенства. В 2010-м году отец Александр Бондаренко был назначен на должность помощника командующего Черноморским флотом по работе с верующими военнослужащими, а литургия в здании храма, построенного адмиралом М.П.Лазаревым, стала совершаться раз в месяц.

Восстановление святыни началось в 2012 году решением Министра обороны Российской Федерации С. Шойгу. Реставрация храма ведется в соответствии с архивными фотографиями, никаких изменений внешнего облика производить не планируется.

Утром 8 декабря на здание храма был водружен купол, на котором, после совершения чина освящения, при помощи спецтехники установили крест.